乙公司是否能够选择注册商标无效宣告程序，取决于甲公司申请注册时诉争商标是否属于商品通用名称，理由如下：
1.注册商标无效宣告制度，是指已经核准注册的商标因违反商标法有关核准注册条件的规定而被宣告无效。
2.由定义可知，适用无效宣告程序，应以商标申请时不符合核准注册为条件，如果在申请注册或核准注册时具有显著性，但由于使用和保护不当，导致其退化为行业内的通用名称，则应当提出注册商标撤销申请。
3.本题中，乙公司诉请的理由是诉争商标一经成为核定商品上的通用名称。这属于我国商标法第11条规定的情形，该条规定，下列标志不得作为商标注册：①仅有本商品的通用名称、图形、型号的；②仅直接表示商品的质量、主要原料、功能、用途、重量、数量及其他特点的；③其他缺乏显著特征的。前款所列标志经过使用取得显著特征，并便于识别的，可以作为商标注册。
4.因此，如果诉争商标在申请注册时并非咖啡的通用名称，具有显著性，则不能适用无效宣告程序，而应通过注册商标撤销程序；如果诉争商标在申请注册时已经成为咖啡的通用名称，则应申请宣告诉争商标无效，而非申请撤销诉争商标。