萎缩的形态表现萎缩细胞胞浆内的细胞器大量退化，因而线粒体和内质网减少，但溶酶体增多，吞噬自身物质形成许多自噬泡。
被吞噬的细胞器和生物大分子先要被内质网的膜包裹起来形成自噬泡。