伤寒杆菌由口入胃，进入小肠，经肠粘膜侵入集合淋巴结、孤立淋巴滤泡及肠系膜淋巴结中繁殖，再经门静脉或胸导管进入血流，形成初期菌血症。如机体免疫力弱，则细菌扩散至骨髓、肝、脾及淋巴结等组织大量繁殖，至潜伏期末再次大量侵入血流，形成第二次菌血症而开始出现发热、皮疹及肝脾肿大等伤寒表现。