巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
盆腔脓肿有急性附件炎的表现，脓肿表现：症状持续恶化，出现高热，并有全身中毒症状。双合诊及肛门指诊感觉盆腔饱满，直肠子宫陷凹组织增厚、发硬或有波动性肿块，伴有明显触痛。脓肿抗生素治疗无效，故可诊断为E。