反式作用因子指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白，包括基础因子、上游因子、诱导因子。反式作用因子通过以下不同的途经发挥调控作用：蛋白质和DNA相互作用；蛋白质和配基结合；蛋白质之间的相互作用以及蛋白质的修饰。参与基因表达调控的因子，它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作用。编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的靶序列（基因）不在同一染色体上。反式作用因子有两个重要的功能结构域：DNA结合结构域和转录活化结构域，它们是其发挥转录调控功能的必需结构。反式作用因子可被诱导合成，其活性也受多种因素的调节。同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码。