1．事件1中脚手架工程专项施工方案编制和报审过程中的不妥之处及正确做法如下。
(1)不妥之处：凭以往经验进行安全估算。
正确做法：应进行安全验算。
(2)不妥之处：质量检查员兼任施工现场安全员工作。
正确做法：应配备专职安全生产管理人员进行现场安全监督工作。
(3)不妥之处：遂将专项施工方案报送总监理工程师签认。
正确做法：专项施工方案应先经甲施工单位技术负责人签认后报送总监理工程师。
2．(1)事件2中专业监理工程师的做法妥当。
(2)“监理工程师通知单”中对甲施工单位的要求主要包括以下内容。
1)重新建立施工测量控制网。
2)改进保护措施。
3)重新申报。
3．(1)事件3中专业监理工程师做法是否妥当的判断如下。
发出“监理工程师通知单”妥当；
签发“工程暂停令”不妥。
(2)不妥之处的理由及正确做法如下。
理由：专业监理工程师无权签发“工程暂停令”(或只有总监理工程师才有权签发“工程暂停令”)。
正确做法：专业监理工程师向总监理工程师报告，总监理工程师在征得建设单位同意后发出“工程暂停令”。
4．项目监理机构应重新进行复查验收，符合规定要求，并征得建设单位同意后，总监理工程师应及时签署“工程复工报审表”；不符合规定要求，责令乙施工单位继续整改。
5．事件4中乙施工单位向项目监理机构提出工期延长申请是正确的。
理由：(1)乙施工单位与建设单位有合同关系。
(2)甲施工单位与建设单位有合同关系，建设单位应承担连带责任。