(1)不合法。 理由：根据《招标投标法》的规定，招标文件应当包括招标项目的技术要求和评标标准等实质性要求和条件，即评标标准和评标方法必须在招标文件中公开载明，并不得随意改变。凡未在招标文件中公开的评标标准和评标方法，不得作为评标依据。
(2)投标人A的投标为无效标。 理由：按照《安全生产法》的规定，企业无安全生产许可证和其安全生产许可证过期都不允许开展经营活动，故投标人A主体不合格。
(3)投标人B的投标为有效标。 理由：此情况属于细微偏差，对其投标函投标报价大写与小写不一致的，按照大写为准，属细微偏差，投标单位书面文件补正即可。
(4)招标人确定D公司为中标人不妥。 理由：按照《评标委员会和评标方法暂行规定》（七部委令第12号2013年修订版）第48条的规定，对于使用国有资金投资或者国家融资的项目，排名第一中标候选人放弃中标、或因不可抗力提出不能履行合同，或者未在招标文件规定期限内提交履约保证金的，招标人才可以确定排名第二的中标候选人为中标人。
(5)招标人与D公司签订合同前进行价格磋商不妥。 理由：根据《招标投标法》，招标人需按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议，中标后以不得以新的价格作为签订合同的条件。