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购买通用会计软件的缺点主要是：（1）软件的针对性不强，通常针对一般用户设计，如果企业有较为特殊的业务或流程，通用软件可能没有对应的功能模块，即便有对应的功能模块，也可能难以适应企业自身的处理流程或方式；（2）软件功能设置过于复杂，常常设置了较多的业务处理方法和参数配置选项，业务流程简单的企业可能感到通用会计软件过于复杂，不易操作。