(1)上海证券交易所决定终止甲公司股票上市交易的原因：甲公司因净利润连续3年为负被暂停上市后，其后一个会计年度净利润继续为负。聽 聽 (2)甲公司股票终止上市后转入全国中小企业股份转让系统进行股份转让符合法律规定。根据规定，强制退市公司股票应当统一在全国中小企业股份转让系统设立的专门层次挂牌转让。聽 聽 (3)①甲公司破产重整案的债权申报期间符合法律规定。根据规定，债权申报期限自人民法院公布受理破产申请公告之日起计算，最短不得少于30日，最长不得超过3个月。②第一次债权人会议召开时间符合法律规定。根据规定，第一次债权人会议由人民法院召集，自债权申报期限届满之日起15日内召开。聽聽聽 (4)①第一次债权人会议有权对债权进行核查。根据规定，．核查债权是债权人会议的职权；管理人依法编制的债权登记表，应当提交第一次债权人会议核查。②第一次债权人会议无权选举债权人会议主席。根据规定，债权人会议设主席一人，由人民法院在有完全表决权的债权人中指定。③第一次债权人会议无权选举债权人委员会全体成员。根据规定，债权人委员会中的债权人代表（不包括职工代表或工会代表）由债权入会议选任、罢免。④第一次债权人会议有权对甲公司财产管理方案和部分资产变价方案进行表决。根据规定，通过债务人财产的管理方案，通过破产财产的变价方案，是债权人会议的职权。聽聽聽 (5)出资人组已经通过重整计划草案。根据规定，出资人组对重整计划草案中涉及出资人权益调整事项的表决，经参与表决的出资人所持表决权2/3以上通过的，即为该组通过重整计划草案。聽聽聽 (6)不同意重整计划草案的出资人提出的异议不成立。根据规定，以法定公积金（而非资本公积金）转增资本的，转增后所留存的该项公积金不少于转增前公司注册资本的25%。聽聽聽 (7)重整计划草案已经第二次债权人会议表决通过。根据规定，对债权人组（有担保债权人组和普通债权人组），出席会议的同一表决组的债权人过半数同意重整计划草案，并且其所代表的债权额占该组债权总额的2/3以上的，即为该组通过重整计划草案；各表决组均通过重整计划草案时，重整计划即为通过。在本题中，出资人组、有担保债权人组和普通债权人组均通过重整计划。