依据《企业内部控制应用指引第10号--研究与开发》，青亚公司在发展的第三阶段开展研发活动所面对的主要风险与应对措施有：1）“青亚公司部分技术人员被新建企业挖走，个别技术人员甚至在离职时带走了一些设计图纸，一些研发项目被迫中断”。青亚公司应当建立研究成果保护制度，加强对专利权、非专利技术、商业秘密及研发过程中形成的各类涉密图纸、程序、资料的管理，严格按照制度规定借阅和使用。