(1)甲研究所可以将该设备提存。根据规定,债权人无正当理由拒绝受领的,债务人可以将标的物提存。(2)甲研究所有权要求乙公司付清全部余款并赔偿损失。根据规定,当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的,在履行义务或者采取补救措施后,对方还有其他损失的,应当赔偿损失。(3)①甲研究所可以不再向乙公司交付约定的设备。根据规定,合同解除后,尚未履行的,终止履行。②甲研究所不能不向乙公司返还100万元的预付款。根据规定,预付款没有担保的性质,当事人解除合同后,甲研究所应当向乙公司返还预付款,但可以要求乙公司承担赔偿责任。(4)保证关系的当事人包括保证人丙公司、被保证人乙公司和债权人甲研究所。(5)甲研究所可以直接要求丙公司承担保证责任。根据规定,当事人在保证合同中对保证方式没有约定或者约定不明确的,承担连带保证责任。在本题中,由于未约定保证方式,保证人丙公司应承担连带保证责任,因此,甲研究所可以直接要求丙公司承担保证责任。