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药物结构中不同的官能团的改变可使整个分子的理化性质、电荷密度等发生变化。(1)烃基：引入烃基，可改变溶解度、解离度、分配系数，还可增加位阻，从而增加稳定性。(2)卤素：卤素是强吸电子基。影响电荷分布、脂溶性、作用时间。(3)羟基和巯基：羟基增加水溶性，改变活性；巯基形成氢键能力比羟基低，但脂溶性高，更易吸收。(4)醚和硫醚：醚类具有亲水性，易于通过生物膜。(5)磺酸、羧酸和酯：磺酸，水溶性及解离度增加活性减弱毒性降低；羧酸，酸性，成盐增加水溶性，有利于增加活性；酯，增大脂溶性，易于吸收，做成前药，降低刺激。(6)酰胺 ：增加与受体以氢键结合的结合力。(7)胺类：显碱性，可与多种受体结合，表现为多样的生物活性。一般伯胺活性较高，仲胺次之，叔胺最低。