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清热药具有抗病原体、抗毒素、解热、抗炎、调节免疫及抗肿瘤等作用与其清泄里热功效相关。主要的药效物质基础有小檗碱（黄连、黄柏、三颗针）、黄芩素（黄芩）、苦参碱（苦参、山豆根）、绿原酸（金银花）、异绿原酸（金银花）、连翘酯苷（连翘）、色胺酮（板蓝根、青黛）、穿心莲内酯（穿心莲）、癸酰乙醛（鱼腥草）、青蒿素（青蒿）等。