问题1：
(1)安排总监理工程师代表负责审批监理实施细则不妥；
正确做法：由总监理工程师负责审批监理实施细则。
(2)安排总监理工程师代表调配监理人员不妥：；
正确做法：由总监理工程师调配监理人员。
(3)专业监理工程师全权处理合同争议和工程索赔不妥；
正确做法：由总监理工程师处理合同争议和工程索赔。
问题2：
还应补充材料：企业资质等级证书；
安全生产许可文件；
专职管理人员和特种作业人员的资格证、上岗证。
问题3：
(1)施工单位项目经理审查该深基坑分项工程的专项施工方案后，即向项目监理机构报送不妥；
正确做法：施工单位项应当组织专家组对深基坑工程的专项施工方案进行论证、审查，经施工单位技术负责入审核签字后报送项目监理机构。
(2)在项目监理机构审批该方案过程中就组织队伍进场施工不妥；
正确做法：应在总监理工程师签字批准后组织队伍进场施工。
(3)安排质量员兼任安全生产管理员对现场施工安全进行监督不妥；
正确做法：由专职安全生产管理人员对现场施工安全进行监督。
问题4：
要求将需要归档的监理文件直接移交城建档案管理机构保存不妥；
正确做法：将需要归档的监理文件及时移交建设单位，由建设单位收集和汇总后
移交移交城建档案管理机构保存。