器官移植也引发了一些伦理问题，主要有：
1．对活体器官移植，特别是以未成年人或利用再生育孩子作供体的利弊评价有争论。
2．对尸体器官移植面临着传统观念的束缚；当死者生前没有提供遗体器官的意愿而又无反对表示时能否作为供体尚有争论；此外还有涉及不同死亡标准摘取器官的时机伦理问题。
3．在器官供不应求的情况下，存在着器官如何分配，能否商业化和能否进行异种移植的伦理问题。
4．昂贵的器官移植与防治常见病的卫生资源分配的矛盾。