1.配置不同：内部EAP是建立在企业内部，配置专门机构或人员，为员工提供服务。大型和成熟企业会建立内部EAP，而且由企业内部机构和人员加以实施，更贴近和了解企业及员工的情况，因而能及时有效地发现和解决问题。外部EAP由专业EAP服务机构操作。企业需要与服务机构签订合同，并安排1—2名EAP专员负责联络和配合。

2.成本不同：一般而言，内部EAP比外部EAP更节省成本。

3.信任程度不同：由于员工心理敏感和保密需求，对EAP的信任程度内部EAP可能不如外部EAP。

4.服务网络不同：外部专业EAP服务机构往往有着广泛的服务网络，能够为全国甚至全世界提供服务，这是内部EAP难以企及的。所以在实践中，内部EAP和外部EAP往往结合使用。

5.建立周期不同：在没有实施经验以及专业机构指导、帮助下，企业想马上建立内部EAP会很困难，所以绝大多数企业都是先实施外部EAP，然后建立内部的、长期的EAP。