甲某可享受的专项附加扣除＝（2000＋2000＋1000）×12＝60000（元）。

专项附加扣除分别是：两个子女教育、住房贷款利息。

甲某2023年12月取得的工资、薪金收入应预扣预缴的个人所得税＝(13000×12-5000×12-27000-2000×12-2000×12-1000×12)×3%-247.5= 22.5（元）。  

甲某取得稿酬应预扣预缴的个人所得税＝50000×（1-20％）×70％×20％＝5600（元）。

甲某取得劳务报酬应预扣预缴的个人所得税＝6000×(1-20%)×20%=960（元）。

甲某取得股票转让所得应预扣预缴的个人所得税为0元，暂免征收个人所得税。

甲某2023年综合所得应税所得额＝13000×12＋50000×（1-20％）×70%+6000×(1-20%)-5000×12-27000-2000×12-2000×12-1000×12=41800（元）。

甲某年终汇算清缴申请的应退税款＝247.5＋22.5＋5600＋960-（41800×10％-2520）＝5170（元）。

提示：甲的父亲生病住院不能享受专项附加扣除，专项附加扣除可以扣除配偶及未成年子女的。

有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：取得综合所得需要办理汇算清缴；取得应税所得没有扣缴义务人；取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；取得境外所得；因移居境外注销中国户籍；非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；国务院规定的其他情形。