1.乙在起诉时，可以要求法院发布禁令，要求丙停止使用A技术，并可以申请财产保全和证据保全。

2.乙还可以请求丙赔偿损失，具体包括：

（1）可以请求自专利公布之日至专利授权之日使用专利的许可使用费。

本题中乙于2019年6月获得专利授权，但其专利申请于2018年9月1日即已公布。根据我国专利法规定，专利保护期限自申请日开始保护，因此尽管2017年3月1日至2019年6月1日尚未获得授权，但如果有人使用专利技术，也构成对权利的侵犯。但是根据我国专利法规定，发明专利申请公布后，申请人可以要求实施其发明的单位或者个人支付适当的费用。因此可以请求自专利公布之日至专利授权之日使用专利的许可使用费。

（2）可以请求自专利授权之日至裁判终止时的许可使用费。乙获得授权后，对A技术享有专有权，丙未经许可，又没有法律依据使用了专利技术，侵犯了乙的专利权，可以要求丙损害赔偿。

至于损害赔偿额，根据专利法第71条规定：①侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定；②权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。③权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予三万元以上五百万元以下的赔偿。

（3）可以请求乙为制止丙侵权支付的律师费、公证费等合理开支。

1.现有技术抗辩时会存在三个对象：“涉案专利的技术特征”、“被控侵权产品的被控技术特征”以及“现有技术的相应特征”。

2.现有技术抗辩的对比方式应当为“被控侵权产品的所有被控技术特征”与“现有技术的相应技术特征”进行对比，而并不是“涉案专利的技术特征”与“现有技术的相应技术特征”或者“涉案专利的技术特征”与“被控侵权产品的被控技术特征”之间的对比。

3.本题中，丙公司的技术属于“被控侵权产品的被控技术特征”，丙公司声称的现有技术是指“甲于2017年1月1日发表论文中公开的A技术”，因此对比的对象应为丙公司的被控技术与甲发表论文中公开的A技术。

（一）可以提起专利无效宣告程序，请求宣告乙的专利无效。

1.专利授权应当具有新颖性、创造性、实用性，如果不具备上述三个条件之一，则不应被授予专利。

2.根据专利法，新颖性是指该发明或者实用新型不属于现有技术；也没有任何单位或者个人就同样的发明或者实用新型在申请日以前向国务院专利行政部门提出过申请，并记载在申请日以后公布的专利申请文件或者公告的专利文件中。

3.由此可知，拟申请专利的技术方案在申请时必须是非现有技术，否则即不具有新颖性。所谓现有技术，是指申请日以前在国内外为公众所知的技术。本案中，乙在2017年2月1日就A技术申请的专利，但甲于2017年1月1日就已经发表了论文，显然在乙申请时A技术已经是公开的技术，也就是现有技术，因此乙的申请不具有新颖性，不符合专利授权条件，不应被授予专利。

4.专利法规定，自国务院专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求国务院专利行政部门宣告该专利权无效。题目中乙的技术不具有新颖性，却被授予了专利，可以据此提起专利无效宣告程序，请求宣告乙的专利无效。

5.宣告无效的专利权视为自始即不存在。一旦乙的专利被宣告无效，那么甲也就没有侵犯乙的权利，也就无需承担法律责任。

6.因此，丙可以申请宣告乙的专利无效，并申请法院中止侵权纠纷的审理。

（二）提出先用权抗辩。

尽管丙的技术落入乙的专利技术范围，但丙于2017年2月1日开始使用A技术，早于乙的专利申请，根据专利法第75条规定，在专利申请日前已经制造相同产品、使用相同方法或者已经作好制造、使用的必要准备，并且仅在原有范围内继续制造、使用的，不视为侵权。因此，丙也可以提出在先使用抗辩，反驳乙的侵权指控。

（三）相较而言，提起先用权抗辩和现有技术抗辩更便捷一些。因为专利侵权诉讼程序是在法院进行的，而专利无效宣告需要去专利行政部门进行。一般情况下，一个专利无效案件审理的时间为一年左右，在无效宣告做出决定之后，对决定不服的当事人还可以就该决定进行行政诉讼，行政诉讼一般也会持续一段时间，并且还有可能进行行政诉讼的二审。无效、行政诉讼一审、行政诉讼二审这些程序需要甚至几年时间，在这几年时间内，专利侵权诉讼很有可能就被迫中止等待无效结果，一个中止的专利诉讼可能会对这个企业的正常经营带来影响。如果使用在先使用抗辩或现有技术抗辩，则可以让专利侵权诉讼很快结案。因此，基于时间的考虑，选择进行先使用抗辩或现有技术抗辩更为便捷。