DNA是一反向平行的双链结构，两条链的碱基之间以氢键相连接。A与T、G与C配对。碱基平面与线性分子结构的长轴相垂直。DNA是右手螺旋结构，螺旋每旋转一周包含10bp，螺距为3.4nm。维持双螺旋稳定的主要力是碱基堆积力(纵向)和氢键(横向)。