A,C,D,E
在职能组织结构中，每一个职能部门可根据它的管理职能对其直接和非直接的下属工作部门下达工作指令，因此，每一个工作部门可能得到其直接和非直接的上级工作部门下达的工作指令，它就会有多个矛盾的指令源，A正确。在矩阵组织结构中，每一项纵向和横向交汇的工作指令来自于纵向和横向两个工作部门，因此其指令源为两个，当纵向和横向工作部门的指令发生矛盾时，由该组织系统的最高指挥者（部门）进行协调或决策，B错误，D正确，E正确。如果对一个建设工程的项目管理进行诊断，首先应分析其组织方面存在的问题，C正确。
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