【参考解析】
1.（1）不妥之处:甲乙双方通过协商修改了合同协议书、专用条款、通用条款，签订了施工合同。
正确做法:保持待签合同与招标文件、投标文件的一致性。随着工程招投标的广泛实施，大多数工程施工合同都是履行招投标程序后签订的，相关法规规定了合同、招标文件、投标文件的一致性，符合法律法规的相关规定,否则合同无效且将被责令改正。这种一致性要求包合了合同内容、承包范围、工期、造价、计价方式、质量要求等实质性内容。
（2）五个文件的优先解释顺序依次为:
合同协议书、中标通知书、投标函、专用合同条款、通用合同条款。
2.（1）预付款为:(5800-580)×20%=1044.00(万元)。
起扣点为:(5800-580)-1044/60%=3480.00(万元)。
（2）3月份支付的工程款750×（1-3%）=727.50(万元)。
4月份应当支付的工程款1000×（1-3%）=970.00(万元)。
5月份累计完成工程的工程款为:180+500+750+1000+1400=3830万元＞起扣点3480万元
因此5月既扣除质保金，还应当扣回付款。
则5月份应当支付的工程款为:1400-1400×3%-(3830-3480)×60%=1400-42-210=1148 .00(万元)。
3、4、5三个月累计支付工程款为:727.5+970+1148=2845.50(万元)
1～5月份累计支付进度款为:(180+500)×97%+2845.50=3505.10(万元)。
3.（1）物资釆购合同管理重点还有:
数量、包装、运输方式、违约责任。
（2）供应合同的标的主要还包括：
购销物资的名称(注明牌号、商标)、品种、型号、规格、等级。
4.（1）劳动力计划编制的要求有:
①要保持劳动力均衡使用。
②要根据工程的实物量和定额标准分析劳动需用总工日，确定生产工人、工程技术人员的数量和比例，以便对现有人员进行调整、组织、培训,以保证现场施工的劳动力到位。
③要准确计算工程量和施工期限。
（2）劳动力使用不均衡，不仅会给劳动力调配带来困难,还会出现过多、过大的需求高峰，同时也增加了劳动力的管理成本，还会带来住宿、交通、饮食、工具等方面的问题。
5.（1）提出设计变更，由建设单位、设计单位、施工单位协商，经由设计部门确认，发出相应图纸或说明，并办理签发手续后实施。
2)施工单位提出的按当地造价部门发布的工资标准计算停窝工人工费8.5万元，索赔不成立。
理由：根据相关规定，人工窝工应按工效降低计算（或窝工费补偿计算）。
施工单位提出的塔吊等机械停窝工台班费5.1万元，索赔不成立。
理由：根据相关规定，机械设备闲置不应按台班费计算，如系租赁设备，一般按实际租金和调进调出费的分摊计算；如系承包人自有设备，一般按台班折旧费计算。
施工单位提出的10天工期索赔成立。
理由：因为设计变更是由建设单位调整关键线路上工序内容导致的，应由建设单位承担窝工和工期顺延的损失。