初始治疗有两种治疗方案，降阶治疗：初始治疗时即采用最有效的药物PPI，迅速缓解症状；升阶治疗：从H₂受体拮抗药开始用起，若症状不能缓解则继续采用抑酸能力更强的药物。
A为促胃动力药、B、C选项为H₂受体拮抗药，D选项为PPI质子泵抑制剂，E选项为保护胃黏膜药物。 

PPI抑酸能力强，是GERD治疗中最常用的药物，疗效明显优于H₂受体拮抗药。奥美拉唑一次20mg，一日1～2次；兰索拉唑一次30mg，一日1～2欢；泮托拉唑一次40mg，一日1～2次；埃索美拉唑一次20mg；一日1～2次，雷贝拉唑一次10mg，一日1～2次。 

维持治疗是巩固疗效、预防复发的重要措施，用最小的剂量达到长期治愈的目的，治疗应个体化。目前维持治疗的方法有3种：维持原剂量或减量、间歇用药、按需治疗。抗酸剂铝碳酸镁可作为GERD维持治疗的一个选择。部分患者症状程度轻。发作频率低，使用铝碳酸镁维持可降低成本。