医疗机构发现发生或者可能发生传染病暴发流行时，应当

突发公共卫生事件应急条例》应急报告制度条例规定，国务院卫生行政主管部门制定突发事件应急报告规范，建立重大、紧急疫情信息报告系统。同时，严格限定了突发事件应急报告的时间，规定报告时限全部为1至2小时。
按照条例规定，有下列情形之一的，突发事件监测机构、医疗卫生机构和相关单位应在2小时内向所在地县级人民政府卫生行政主管部门报告：发生或者可能发生传染病暴发、流行的；发生或者发现不明原因的群体性疾病的；发生传染病菌种、毒种丢失的；发生或者可能发生重大食物和职业中毒事件的。国务院卫生行政主管部门对可能造成重大社会影响的突发事件，应当立即向国务院报告。