医疗机构的负责人在药品购销中暗中收受回扣或者其他利益，依法对其给予处分的机关是

本题选A。 
根据《执业医师法》第三十七条规定：“医师在执业活动中，违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府卫生行政部门给予警告或责令6个月以上2年以下执业活动；情节严重的，吊销其执业证书……（十）利用职务之便，索取、非法收受患者财物或者牟取其他不正当利益的。”同时，根据《药品管理法》第九十一条：“医疗机构的负责人、药品采购人员、医师等有关人员收受药品生产企业、药品经营企业或者其代理人给予的财物或者其他利益的，由卫生行政部门或者本单位给予处分、没收违法所得；对违法行为情节严重的执业医师，由卫生行政部门吊销其执业证书。”
由以上二法，医生收取回扣，应承担的行政责任包括：
1.处分。即由违法行为人所在的单位或上级机关依照有关规定给予警告、记过、降级、撤职、开除等行政处分或纪律处分。
2.收违法所得。
3.吊销医师执业证书，即有关行政机关剥夺违法者原有的从事某种职业资格的行政处罚。